Tragischerweise beendete eine schwere Krankheit
Babbels Spielerkarriere. Sein Nervensystem wurde durch die ungewöhnliche neurologische Erkrankung namens Guillain-Barré-Syndrom beeinträchtigt, die 2001 diagnostiziert wurde. Lange Zeit fiel er durch diese Krankheit aus und sie drohte seine Karriere zu früh zu ruinieren. Babbel hielt jedoch durch und kehrte nach einer längeren Erholung auf das Feld zurück, erreichte jedoch nie ganz die gleichen Höhen wie vor seiner Krankheit.
Babbel verließ den Profifußball 2007 nach Stationen beim VfB Stuttgart und den Blackburn Rovers. Aufgrund seiner fundierten Spielkenntnisse und Führungsqualitäten war sein Wechsel vom Spieler zum Trainer offensichtlich. Babbel begann als Trainer bei Stuttgart, zunächst bei den jungen Mannschaften und dann 2008 als Cheftrainer der A-Nationalmannschaft. Zu seinen zahlreichen Erfolgen in Stuttgart gehörte, dass er die Mannschaft auf den dritten Platz in der Bundesliga und einen Platz in der UEFA Champions League führte.
Spieltage haben großen Einfluss auf Babbels Trainermentalität. Ebenso wie Merkmale seines eigenen Spielstils legte er Wert auf Disziplin, taktisches Bewusstsein und eine solide Verteidigungsbasis. In der Umkleidekabine war er in der Lage, mit den Spielern zu interagieren und ihre Standpunkte zu verstehen.