Ein zusätzliches bemerkenswertes Kapitel in Funkels Karriere begann
Mitte der 1990 er Jahre, als er Manager von 1 wurde. FC Köln. Trotz seiner Achterbahnzeit bei Köln hielt er die Mannschaft in der Bundesliga, was sein Ansehen als vertrauenswürdiger und kompetenter Manager stärkte. Funkels Fähigkeit, Mannschaften häufig an den Rand der Abstiegsstabilität zu bringen, wurde durch seinen praktischen Ansatz und die Betonung einer starken Defensivorganisation erheblich unterstützt.
Bei Eintracht Frankfurt wurde Funkels Ansehen als Spezialist für die Sicherung von Aufstiegen und die Stabilisierung von Vereinen weiter gefestigt. Er übernahm das Amt im Jahr 2004 und verhalf der Mannschaft in seiner ersten Saison zum Gewinn des DFB-Pokals und anschließend zum Aufstieg in die Bundesliga. Frankfurt behielt nicht nur seine Bundesliga unter seiner Leitung, sondern erlangte auch den Ruf, ein fleißiger und hartnäckiger Kader zu sein. Zu diesem Zeitpunkt war Funkels Fähigkeit, neue Talente zu entwickeln und erfahrene Spieler zu einer zusammenhängenden Einheit zusammenzubringen, klar und trug wesentlich zum Erfolg des Vereins bei.
Funkels Langlebigkeit und Flexibilität gehörten zu den erstaunlichsten Merkmalen seiner Karriere als Manager. In einer Zeit, in der die Verwaltung von Jobs manchmal kurz ist, sagt Funkels Fähigkeit, über mehrere Jahrzehnte und Fußballepochen hinweg relevant und erfolgreich zu bleiben, viel über sein Wissen und seinen Stil aus. Seine Zeit bei Mannschaften wie dem VfL Bochum und Alemannia Aachen bewies seine Fähigkeit, schwierige Aufgaben zu übernehmen und hervorragende Arbeit zu leisten. Besonders hervorzuheben war während Funkels Amtszeit bei Aachen der UEFA-Pokal-Lauf der Mannschaft, eine ungewöhnliche Leistung für eine Mannschaft ihres Kalibers.